Η Βιβλιοθήκη, Κέντρο Τεκμηρίωσης και Πληροφόρησης, υπάγεται στην Διεύθυνση Υποστήριξης Ερευνών και Τεκμηρίωσης του Ελληνικού Κέντρου Θαλασσίων Ερευνών (ΕΛ.ΚΕ.Θ.Ε.), και δημιουργήθηκε από την συνένωση του Εθνικού Κέντρου Θαλασσίων Ερευνών (έτος ίδρυσης 1985) και του Ινστιτούτου Θαλάσσιας Βιολογίας Κρήτης (έτος ίδρυσης 1987). Το ΕΛ.ΚΕ.Θ.Ε. είναι Δημόσιο Ερευνητικό Ίδρυμα που σκοπό έχει την προώθηση της θαλάσσιας έρευνας στην Ελλάδα. Αποτελεί Νομικό Πρόσωπο Δημοσίου Δικαίου (ΝΠΔΔ) και εποπτεύεται από την Γενική Γραμματεία Έρευνας και Τεχνολογίας του Υπουργείου Παιδείας.
Η Βιβλιοθήκη του ΕΛΚΕΘΕ στεγάζεται σε αυτόνομους χώρους στα δύο Ερευνητικά Κέντρα τα οποία συνιστούν το ΕΛΚΕΘΕ: στην Ανάβυσσο Αττικής και στο Ηράκλειο της Κρήτης και ανήκει στην κατηγορία των ειδικών – επιστημονικών βιβλιοθηκών. Η Βιβλιοθήκη λειτούργησε ταυτόχρονα με την ίδρυση του Κέντρου το 1965, υπό την επωνυμία Ελληνικό Υδροβιολογικό Ινστιτούτο της Ακαδημίας Αθηνών.